Načelo dezinfekcije natrijevega hipoklorita vključuje predvsem tri vidike:
Hipoklorova kislina nastane s hidrolizo, hipoklorova kislina pa se nadalje razgradi in tvori nov ekološki kisik. Močna oksidacijska lastnost novega ekološkega kisika denaturira snovi, kot so beljakovine, na bakterijah in virusih, s čimer uniči patogene mikroorganizme.
Hipoklorova kislina lahko prodre v bakterije (viruse) in reagira z organskimi polimeri, kot so bakterijski (virusni) proteini, nukleinske kisline in encimi, ter tako uniči patogene mikroorganizme.
Kloridni ioni, ki jih proizvaja hipoklorova kislina, lahko bistveno spremenijo osmotski tlak bakterij in virusov, zaradi česar njihove celice izgubijo aktivnost in umrejo.