Pomembno je, da filtrske krogle bazena redno čistite, da preprečite, da bi se zamašile in postale neučinkovite. Odvisno od velikosti vašega bazena in količine uporabe, boste morda morali svoje FilterBalls očistiti enkrat na teden ali manj kot enkrat na mesec. Za čiščenje FilterBalls jih enostavno odstranite iz filtra in jih sperite s cevjo.
Za temeljitejše čiščenje jih lahko tudi namočite v vedro vode z milnico. Ne pozabite popolnoma izprati mila, preden kroglice vstavite nazaj v filter.