Vzdrževanje čistoče bazena je ključnega pomena za preprečevanje širjenja bolezni, nesreč in okužb. Priporočljivo je vsaj enkrat tedensko izvajati celovito čiščenje bazena, še posebej v sezonah pogoste uporabe. Redno čiščenje ne vključuje samo pranja filtrirnih kroglic, temveč tudi preverjanje kakovosti vode, čiščenje sten in tal bazena ter druge opreme, kot so črpalke in filtrirni sistemi.