Poleg škodljivih snovi je v odplakah nešteto bakterij in virusov. Zato se dezinfekcija s klorom pogosto uporablja za uničevanje bakterij in virusov v vodi med fazo iztoka vode iz pipe in čistilnih naprav.
Pri obdelavi industrijske krožne hladilne vode se klor uporablja tudi za sterilizacijo in odstranjevanje alg. V procesu kroženja hladilne vode se zaradi izhlapevanja dela vode hranila v vodi koncentrirajo, bakterije in drugi mikroorganizmi pa se množijo v velikih količinah in zlahka tvorijo sluzasto umazanijo. Preveč sluzaste umazanije povzroči zamašitev cevi in korozijo.
Kloriranje običajno vključuje vbrizgavanje klora v vodo za uničenje bakterij in drugih mikroorganizmov, običajno v ustekleničenem kloru.
Da bi ohranili baktericidni učinek, mora biti preostali klor vedno na {{0}},5 ~ 1mg/L v izpuščeni vodi in na koncu vodovodnega omrežja na 0 0,05 ~ 0,1 mg/l.